В 2026 году тема утраты статуса участника проекта «Сколково» и связанных с этим налоговых претензий вышла на первый план среди технологических и ИТ-компаний. После вступления в силу новых правил Фонда и запрета на совмещение льгот резидентов с преференциями аккредитованных ИТ-компаний количество спорных ситуаций заметно выросло. По данным СМИ и консультантов, Федеральная налоговая служба предъявила претензии уже более чем 50 компаниям. Разберём ключевые основания потери статуса и льгот, позицию ФНС и практические рекомендации.
Основные основания утраты права на льготы и статуса
Статус участника проекта «Сколково» даёт существенные налоговые преимущества: освобождение от налога на прибыль и НДС (при соблюдении условий), льготные страховые взносы и ряд других преференций.
Однако эти преимущества ограничены как по сроку (максимум 10 лет), так и по финансовым показателям.
1. Превышение финансовых порогов
Право на освобождение от налога на прибыль и НДС прекращается, если:
- годовая выручка от реализации превышает 1 млрд рублей
- и/или совокупная прибыль (нарастающим итогом с начала года, в котором выручка превысила 1 млрд) превышает 300 млн рублей
Важно понимать механику:
- При превышении выручки в 1 млрд рублей освобождение от обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль прекращается с начала соответствующего налогового периода. После этого компания может временно применять ставку 0 % до достижения порога прибыли в 300 млн рублей.
- Как только совокупная прибыль превышает 300 млн рублей, налог за весь период пересчитывается по общей ставке, начисляются пени.
Превышение порогов само по себе не всегда автоматически лишает статуса участника проекта, но практически лишает смысла его сохранение для большинства компаний, ориентированных на налоговую экономию.
2. Просрочка ежегодной отчётности
Участники проекта обязаны ежегодно сдавать отчётность в Фонд «Сколково» через личный кабинет на sk.ru. Окно подачи годового отчёта — с 1 февраля по 5 апреля.
Нарушение сроков:
- первая просрочка (более 10 дней) обычно влечёт предупреждение
- повторное нарушение может стать основанием для прекращения статуса
Кроме годового отчёта существуют квартальные формы. Систематические нарушения отчётной дисциплины Фонд рассматривает как грубое несоблюдение условий участия.
3. Другие основания
К ним относятся: добровольный отказ от статуса, исключение по решению Фонда (за нарушение правил исследовательской деятельности, в том числе правила 70/30 по структуре выручки), истечение 10-летнего срока, ликвидация или реорганизация компании, а также появление учредителей или руководителей в определённых негативных реестрах.
Претензии ФНС: в чём суть спора
В июне 2026 года стало известно, что ФНС предъявила претензии более чем 50 компаниям — бывшим или действующим резидентам «Сколково». Основной предмет спора — попытки компаний, утративших право на «сколковские» льготы по налогу на прибыль из-за превышения лимитов, в том же налоговом периоде перейти на пониженную ставку, предусмотренную для аккредитованных ИТ-компаний.
Позиция налогового органа (поддержанная разъяснениями Минфина) заключается в следующем:
- Налоговый период по налогу на прибыль — календарный год
- Утрата права на освобождение по правилам «Сколково» влечёт пересчёт налога по общей ставке за весь год
- Применить ИТ-льготу по налогу на прибыль в том же году нельзя. Это возможно только начиная со следующего налогового периода (при наличии аккредитации и выполнении условия о доле профильных доходов не менее 70 %)
По страховым взносам ситуация мягче: пониженный тариф для ИТ-компаний можно начинать применять с месяца утраты статуса резидента «Сколково» (при соблюдении остальных условий).
Претензии касались периодов 2023–2025 годов, однако логика споров остаётся актуальной и в 2026 году, особенно после законодательного запрета на одновременное применение двух льготных режимов.
Когда стоит рассматривать добровольный выход
Добровольный отказ от статуса участника проекта возможен и иногда экономически оправдан. Однако важно заранее просчитать налоговые последствия:
- По налогу на прибыль льготу придётся восстановить с начала года утраты статуса, а ИТ-ставку можно будет применять только со следующего года
- По страховым взносам переход на ИТ-тариф возможен быстрее
- По НДС последствия зависят от конкретных обстоятельств и наличия оснований для применения других освобождений (например, по подпункту 26 пункта 2 статьи 149 НК РФ при реализации российского ПО)
Компаниям, которые приближаются к порогу в 1 млрд рублей выручки или уже имеют стабильную ИТ-аккредитацию, рекомендуется заранее моделировать оба сценария — сохранение статуса «Сколково» и переход на отраслевые льготы.
Рекомендации юридической компании Solu
- Регулярно мониторьте финансовые показатели (выручка и прибыль) и сравнивайте их с установленными порогами.
- Строго соблюдайте сроки сдачи отчётности в Фонд. Назначьте ответственного сотрудника и закладывайте резерв времени.
- Если компания одновременно имеет статус резидента «Сколково» и ИТ-аккредитацию — определитесь с приоритетным режимом. С 2026 года совмещение невозможно.
- При приближении к лимитам или при планировании добровольного выхода проведите предварительный налоговый расчёт с учётом пеней и разницы в ставках.
- Фиксируйте все решения и переписку с Фондом. В случае претензий ФНС качественная документация существенно повышает шансы на успешную защиту позиции.
- При получении требования налогового органа не затягивайте с ответом и привлекайте специалистов, имеющих опыт работы именно со «сколковскими» спорами.
Заключение
Статус резидента «Сколково» по-прежнему остаётся мощным инструментом поддержки технологических компаний. Однако в 2026 году требования стали жёстче, а контроль — внимательнее. Потеря статуса или льгот из-за превышения финансовых порогов, просрочки отчётности или некорректного перехода на другой льготный режим может обернуться значительными доначислениями и пенями.
Своевременный мониторинг показателей, соблюдение procedural-требований Фонда и грамотное налоговое планирование позволяют существенно снизить эти риски.
Юристы и налоговые консультанты компании Solu готовы провести аудит текущего статуса вашей компании, оценить риски утраты льгот и разработать план действий — как для сохранения резидентства, так и для безопасного перехода на иной режим налогообложения.
Материал подготовлен на основе актуальных норм НК РФ, Правил Фонда «Сколково», разъяснений Минфина и ФНС, а также публичных данных о претензиях налогового органа в 2026 году.